黑线鼠本身无毒。 但带有致病病菌，又名黑线姬鼠，是一种濒危的“害鼠”，除了会在作物播种期盗食种子、生长期和成熟期啃食作物营养器官和果实之外，也是流行性出血热和钩端螺旋体病的重要宿主，传播的疾病多达17种，因此该物种并不受人们欢迎。
如今，因为大量猎杀，数量更是稀少，在2013年其已经被列入《世界自然保护联盟》（IUCN）濒危物种红色名录。黑线鼠的栖息环境比较广泛，一般喜欢居住在向阳、潮湿、近水源等地方。在农业区：黑线鼠经常栖息在海拔225~1670米的地埂、土堤、林缘和田间空地中。在林区：黑线鼠经常生活于草甸、谷地，以及居民区的菜地和柴草垛里，还经常进入居民住宅内过冬。
