花纹不同：东锦龟和西锦龟的头部花纹不同，东锦龟头部的花纹是点状或圆形的，西锦龟头部的花纹是条状的。
背甲颜色不同：东锦龟和西锦龟背甲的颜色也不同，东锦龟的颜色是深褐色的，很多都是接近黑色的。西锦龟是墨绿色的，部分亚种还会有花纹。
腹甲不同：东锦龟的腹部大多都是黄色的，没有花纹。西锦龟腹甲是有花纹的。
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