亚马逊蛇颈龟是一种体型很大的龟，通常可以长到43至45厘米，最大可达到61厘米。它的头部、颈部、尾部和四肢皆呈灰褐色。它的甲壳有三条规则的条状背脊，形似枯叶，圆锥形，并具有明显的同心生长环，坑坑洼洼凹凸不平，并不是很坚硬，与产自北美的鳄龟相似。
成年蛇颈龟背甲最长可以至45厘米（18英寸），背甲为长方形、粗糙、多瘤节等。幼体的背甲则呈砖红色对称分布3对黑色斑点，看起来好像枯黄树叶上被霉菌腐蚀的斑点，起到保护的作用；其腹甲细长，较小，呈奶油黄色或棕黄色，与背甲尺寸大小基本一样，幼体腹甲颜色多为粉红色，在长大后背甲和腹甲的颜色会逐渐消失，成年后底部边缘会发红。它的脖子很长且较宽，颈部可以自如收缩。
