体型酷似花鼠但略小。尾长略短于体长，体长115~158mm，尾长85~130mm。尾端毛较长，尾的末端逐渐尖细。前足掌部裸露，掌垫2枚，指垫3枚；后足蹠部裸露。蹠垫2枚，外侧者略大，趾垫5枚。
前足4指，后足5趾，爪呈钩状。耳壳明显，耳长9~16mm；眶间前部宽而较平坦，眶上突位于眶间部的较后部位，眶间宽11~13.2mm。雌性具乳头3对，腹部1对，鼠鼷部2对。
背部正中有一条明显的黑色条纹，两侧有两条褐黄或浅黄的纵纹，再外侧为两条黑褐色纵纹，最外侧为两条浅黄或淡黄白色纵纹。两颊有白色条纹至耳基部，但不与背部最外侧的条纹相联续。
耳壳边缘背侧具短的簇毛，毛基黑而尖端白色。腹部毛色灰黄，毛基部灰色，上半部灰黄色。尾毛基部深棕黄色，中段黑色，尖端浅黄色。
脑颅部圆而凸，吻短而尖，眶间部的前部宽而较为平坦，眶上突位于眶间部的较后部位。鼻骨先端有明显膨大，与额骨相连处比较平凹。颧骨前部扁宽，略向内斜，中间不特别向外突出，听泡适中。
隐纹花松鼠是一种杂食性动物。据观察和解剖六只花松鼠的胃内容物，主要以各种种子、嫩芽、杉子、松子、板栗、地衣、树皮和昆虫为食。在冬季偶见吃死鼠。在住宅附近可摄食米饭、面条、鸡蛋黄、猪肉等残渣。花松鼠摄食一次，平均需要9.9秒。摄食时，其身体由后肢支撑，用嘴衔起食物，前肢捧住后咀嚼。有时也不需前肢的帮助。摄食之后便上树逗留、咀嚼或用嘴擦树干。
在2小时的活动中，用于觅食的时间约为56分钟，在树上逗留、嬉戏的时间为61分钟。花松鼠的摄食和其活动次数几乎相等，因此花松鼠觅食时间的分配与其无颊囊、不能临时储存食物有关。
